こんなんでどうでしょう
a = logical([0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1]);
idx = find([diff(a) numel(a)]); %境目のインデックス
width = diff([0 idx]); %各要素グループのサイズ(幅)
b = mat2cell(a, 1, width); %1行width列に分割し1×6セル配列に束ねる
a = 1×21 の logical 配列
0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1
idx = 3 8 10 14 17 21
width = 3 5 2 4 3 4
b = 1×6 の cell 配列
[1×3 logical] [1×5 logical] [1×2 logical] [1×4 logical] [1×3 logical] [1×4 logical]