I'd stay at the loop and only avoid repeated indexing:
for k = 1:length(ind_cond)
kk = ind_cond(k);
S.Fecha = Fecha{kk};
S.Contrato = Contrato{kk}{1};
S.Zona = Zona{kk};
S.Agente = Agente{kk};
S.Unidad = Unidad{kk};
S.Precio = Precio{kk};
S.Cantidad = Cantidad{kk};
S.Tipo_oferta = Tipo_oferta{kk};
S.Condicion_ejecucion = Con_ejec{kk};
S.Condicion_validez = Con_val{kk};
S.Cantidad_reducida = Cantidad_reducida{kk};
S.PPD = PPD{kk};
S.Fecha_envio = Fecha_envio{kk};
S.Fecha_cambiada = fecha_cambiada{kk};
ofertas_c(k) = S;
end
If all elements would be cell arrays, a calling the command struct() would be fine, but the field Contrato makes needs an extra command:
ofertas_c = struct( ...
'Fecha', Fecha, ...
'Contrato', cellfun(@(c) c{1}, Contrato, ...
'Zona', Zona, ...
... and so on
)