背景が黒で、見つけたい穴は白色に見えるということになると思うので、シンプルに2値化して、検出できた領域の数を数えるという方法をまずはお試しください。
2値化は
img = imread('test.png'); % 画像データの読込
img = rgb2gray(img); % グレースケール画像に変換
bw = img > 10; % 2値化
のような演算でもできますし、imbinarize関数も効くかもしれません。
しきい値が不適切だと誤検出や穴が隠れちゃったりすると思うので、そのあたりの調整は必要だと思います。できたbwが穴の位置が白、その他が黒になっていれば
lbl = bwlabel(bw); % 2値画像をラベル画像に変換（白い領域それぞれに1から番号がつく）
num = max(lbl(:)) % 最大のラベル番号 = トータルの穴の数
で穴の数を出力できます。
