MATLAB 5.2 以前のバージョンでは ActiveX 経由で MATLAB を複数起動させることはできませんでした。その後のバージョンでは、"MATLAB.Application" の代わりに "MATLAB.Application.Single" を使用することで起動させることができます。
MATLAB オートメーションサーバには二つの起動モード、shared と dedicated があります。
shared サーバは、複数のクライアントによってシェアされる一方、dedicated サーバは、一つのクライアント専用となります。そのモードは、MATLAB 起動時のプログラム識別子 (ProgID) によって決めることができます。
ProgID である matlab.application は、既定の設定が shared になっています。
MATLAB を複数起動させる場合は、dedicated になっている matlab.application.single という ProgID をご使用ください。
以下は二つの MATLAB を起動する例です。
set Matlab1 = CreateObject("Matlab.Application.Single")
set Matlab2 = CreateObject("Matlab.Application.Single")
ActiveX オートメーションサーバとしての MATLAB についての詳細は、以下の資料の7章をご覧ください。
・External Interfaces/API GUIDE