32bit 環境でコンパイルしたアプリケーションを 64bit 環境で実行することは、正式にサポートされていません。詳細については、以下のヘルプドキュメントのページに記載されている、「Limitations and Considerations "Cross-Platform Considerations"」 をご覧下さい。
・MATLAB Compiler Getting Started: Product Overview
なお、あくまで正式サポートではありませんが、32bit エミュレーションモードにて、32bit 環境で作成したアプリケーションを実行させることができます。これは、Windows および UNIX 環境にて適用されます。
32bit アプリケーションを 64bit 環境に配布する手順は、32bit 環境に配布する場合と同様であり、32bit バージョンの MATLAB Compiler Runtime(MCR) を配布します。
Linux の 64 bit 環境の配布先では、32bit と 64bit バージョンの libc およびその他のライブラリが含まれているはずであるため、別途ライブラリをコピーして配布する必要はありません。また、LDD コマンドを使用することで、32bit アプリケーションで必要とされる共有ライブラリを表示することができます。
しかし、可能であれば、スタンドアロンアプリケーションは、コンパイルした環境と同じ環境に配布し、利用してください。