起動時間の短縮は、オペレーションシステム（OS）によるキャッシュまたはRAMを使用した最適化によるものです。アプリケーションプログラムが起動する際、プログラムデータは(ハードディスク等の)アクセス速度が遅い媒体から(RAMなどの)速い媒体へロードされます。アプリケーションプログラムが終了するとき、これらのロードされたプログラムはすぐに消去されることはなく、そのままRAM上に残ります。
（参考）
・Page fault
・Locality of reference
マシンには無限にメモリがないため、別のプログラムがメモリを必要とすると、メモリ上のコードを取り除きます。再度、スタンドアロンアプリケーションを起動するとき、前回使用したプログラムデータが(たまたま)RAM上に残っている場合はHDDからロードする必要がないため、起動は速くなります。もし、すでに一部でもRAM上から消去されてる場合は、再度HDDからロードする必要がありますので、遅くなります。
これを回避するためには、非常に軽い処理のEXEを作成し、それを定期的に実行する方法があります。
または、EXEではなくライブラリ(DLL)を作成し、それを別のアプリケーションからコールすることにより、DLLやランタイムの常駐化を実現することができます。
