この現象は、$MATLAB\BIN\WIN32\mexopts(バージョン5.3.xでは$MATLAB\BIN)にある、オプションファイル、MSVCxxENGMATOPTS.BATの変数MSVCDirが原因です(ここで、$MATLABはMATLABのルートディレクトリ、"xx"は"60"や"71"などのMSVCのバージョンに対応した数字です)。
ご利用のMSVCxxENGMATOPTS.BATファイルをカレントの作業ディレクトリにコピーし、ファイルをエディタで開き、以下のように、MSVCDir変数をVisualC++のディレクトリ内にある実際のVCのパスへと書き換えてください。
たとえば、以下の部分を
set MSVCDir=%MSVCDir%
以下のように絶対パスに書き換えます。
set MSVCDir=D:\Applications\Micros~2\vc98