'gene' を設定しているブロックはConstantブロックでしょうか？
であるならば、以下で動くと思います。
gene = a;
sim('APF_LQ_LIN_2008highspeed')
1行目によって、geneという変数がWorkspace上に生成されますので、simコマンド実行のさいに、SimulinkがgeneをSimulinkに読み込みます。
Constantブロックに設定している値を変更するには以下のようにします。
set_param('APF_LQ_LIN_2008highspeed/Constant','Value',num2str(a)) % aの値を直接書き込む
または、
set_param('APF_LQ_LIN_2008highspeed/Constant','Value','a')) % aという文字列を書き込む
その後、simコマンドでモデルを実行します。
以上、回答になりましたでしょうか？
