連続時間の場合は、タイムステップを可能な限り長く取り、計算時間を効率化することをしますので、今回のような結果になるかと思います。
一般的な話になりますが、Arduinoなどのマイコンに機能を実装する際には、離散的なタイムステップで計算できるモデルを作らなければなりません。「サンプル時間を細かくすれば正しく出力します」という動作は、正しい振る舞いになります。
例えば10kHzのパルス波で、dutyの分解能を1%刻みで出力したいという場合は、
1 / 10000 / 100 = 1e-6 = 1[us]
のサンプリングタイムステップを設定しなければなりません。Arduino DueにSimulinkモデルを実装して実行する場合は、これほど小さいタイムステップでは実行はできないと思います。分かりませんが、おそらく50[us]辺りが限界かと予想しています。