まず、内側のループ
for t = 0:Ts:N
end
の箇所は、tという変数を時間変化に見立て、それに応じた計算をしているようですので、このforループの箇所はSimulinkでそのままモデル化できます。なぜなら、Simulinkは時間変化をシミュレーションする環境であるためです。一定の時間刻みでモデルを実行するには、固定ステップソルバーを用います。
そして、外側のループ
for Yawlate = Yaw_min:Yaw_sample:Yaw_max
end
では、Yawlateというパラメーターを変更しています。これは時間に依らない要素ですので、Simulinkでモデル化するよりは、MATLABで行う方が効率的です。この部分はMATLABで記述し、内側ループをSimulinkで記述し、Simulink部分を「sim」コマンドで実行して結果を得て、それをMATLAB側で評価する、という形がおすすめです。
以下リンク先デモモデルで、そのようなことをしています。ご参考までに。