モデル予測制御の基本を理解されたいということであれば、「モデル予測制御―制約のもとでの最適制御」という教科書が分かりやすく、おすすめです。多入力多出力の実装方法についても解説されています。
Model Predictive Control Toolboxを用いる場合は、以下のデモモデル「オンライン推定モデルを利用した適応MPCの設計」が参考になるかと思います。
こちらを見ていただきますと、2入力2出力のシステムに対して、軌道追従制御を行うための実装方法が分かります。
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