ForループをSimulinkモデルで実装する方法はいくつか考えられます。 
ただし、ループの依存性がない場合(前の計算結果に依存せず並列化出来る場合)に限りますが。  
- For Eachサブシステムを使う
- MATLAB Functionブロックを使い、For文を記述する 
2. に関しては、ドキュメント付属のデザインパターン
>> hdlcoder_eml_design_patterns
のSortersが参考になると思います。  
 
ループの依存性がある場合はややこしく、前の処理結果を次の回路で計算する必要があるので、回路をシリアライズするか、フィードバック系を構築して結果出力を制御する必要があります。