R2019b より Arduino Support Package は MATLAB Compiler でコンパイルがサポートされています。
主な手順は、以下のものです。
なお、MATLAB環境にはArduino Support Packageがインストールされている必要があります。
1. arduino コマンドなどを含むアプリケーション（MATLAB プログラム）を、アプリケーションコンパイラ(deploytool)を使用し、スタンドアロンアプリケーションとしてコンパイルします。
2. 配布先のコンピュータに正しいバージョンのMATLAB Compiler Runtime (MCR) をインストールします。
3. 配布先のコンピュータにArduino 1.8.8 をインストールします。これはArduino のWebサイトよりダウンロードします。<https://www.arduino.cc/en/Main/OldSoftwareReleases>
4. 配布先でスタンドアロンアプリケーションを実行します。「Configure Arduino」画面が表示されますので、正しいシリアルポートとボード名とArduinoアプリケーションの場所を設定します。
例：
COM4
UNO
C:\Program Files (x86)\Arduino
5. Arduinoのパスの検証が正常終了すると、アプリケーションが実行可能になります。
以下の URL より関連ドキュメンテーションをご覧いただけます。
参考：Create Standalone Applications for Arduino Hardware
