Embedded Coderを使えば、汎用の組み込みマイコン向けの、ANSI Cコード生成ができます。
特に制約が無ければどのようなコントローラにも実装できます。ただし、Simulinkからコード生成したCコードと、元々のマイコンの統合開発環境で書いたCコードを繋げるための関数は、別途作成しなければなりません。
Arduino、nucleo、raspberry piなどのマイコンを使えば、その手書きのCコード部分は書かなくてもよくなる、というメリットがあります。
ちなみにArdiono、raspberry piを使う場合は、Coderと名の付くツールボックスは必要ありません。nucleoのサポートパッケージを使う場合は、Simulink Coderが必要です。他にもTIのマイコンのサポートパッケージもあります。
もし研究用途であれば、私はraspberry piをお勧めします。以下のsense HATというモジュールを付けると、加速度、ジャイロ、地磁気センサー一式がすぐに使えるようになりますので。
GNSSセンサーはUSB経由で接続できます。
ただし、PWM出力の数に関しては不足しているかもしれませんので、この点は要検討です。