②の方が物理現象を正確に再現することができます。ただし、計算時間は遅くなります。
一般にシミュレーションモデルの正確さと計算時間はトレードオフの関係にあります。
また、Simulink, Simscapeは1D-CAEのシミュレーションツールです。1D-CAEは物理現象の空間的なダイナミクスを無視した近似モデルを使うことで、高速にシミュレーションすることを前提に作られています。
おっしゃるように、たくさん分割してモデリングすることで、無視していた空間的なダイナミクスをある程度考慮できるようになりますが、本来Simscapeはそのようにして使うツールではないため、分割は必要最低限に留めた方がよいと思います。
ちなみに、空間的なダイナミクスとは具体的には、時間以外に関する微分方程式を含むという意味です。例えば、熱伝導方程式は時間以外に位置に関する微分方程式も含みますが、これをSimscapeで完全にモデリングすることはできません。
