以下のような方法はどうでしょうか。
MATLABを二つ起動し(それぞれA, Bとします)、Aは通常通りUDP受信したデータをグラフに描画する処理を行い、UDP受信するごとに、Bに対して受信したデータをそのままUDP送信します。BはUDP受信したデータが1000フレームに到達した時にファイルに保存します。
UDP送信にかかるオーバーヘッドが大きくないのであれば、これで対処できるのではと思います。
ちなみに、Parallel Computing Toolboxを使うとクライアントとワーカーの間でデータの送信が可能なようなので、工夫次第でできるかもしれません。