数式計算を行いたい場合は「Symbolic Math Toolbox」を使うとできます。
添付ファイルに、数式を導出してSimulinkモデルで解く例を作りましたのでご参照ください。
最初の変数定義で「ddx = sym('ddx', 'real'); 」としていますが、これは変数を実数で定義するために行っています。Symbolic変数を定義する際、デフォルトの「syms ddx」という表現では、複素数として扱われるためです。
Tsunodaさんが添付してくださった数式はそのまま実装はしていません。是非ご自分で手を動かして作ってみてください。
積分計算は数式に含めていません。あくまで位置と角度の二回微分を計算する式を生成し、Integratorブロックでそれらを積分し、変化率と位置角度を計算しています。